O Departamento de Ciências Exatas foi criado em 02/12/1998 pela Resolução 4615 de 12/11/1998, fruto da Reforma Departamental da ESALQ, quando passou a abrigar funcionários docentes e não-docentes dos antigos Departamentos de Matemática e Estatística(LME), de Física e Meteorologia (LFM) e parte dos funcionários do antigo Departamento de Química (LQI). Em 2009 toda a área de Física e Meteorologia foi transferida para o Departamento de Engenharia de Biossistemas ficando o LCE com as áreas de Química e Matemática e Estatítica.
O atual corpo docente é constituído de 17 docentes: 4 titulares, 11 doutores e 2 temporários. Doze destes docentes atuam na área de Matemática e Estatística e cinco na área de Química. Conta também com o apoio de treze funcionários divididos entre as funções técnicas, de laboratório, acadêmica e administrativa.
A fim de que as atividades do Departamento de Ciências Exatas sejam desempenhadas com melhor eficiência, foram criadas três comissões assessoras do Conselho Departamental:
• Comissão de Ensino, direcionada a assuntos ligados aos cursos de graduação da Esalq;
• Comissão de Pesquisa, voltada a programas de pesquisa e extensão;
• Comissão de Administração, com o propósito de auxiliar o Departamento no estudo e elaboração de programas que visem a captação de recursos externos e o intercâmbio com instituições internacionais.
A missão geral do Departamento é elaborar e desenvolver programas de ensino, pesquisa e extensão, nas grandes áreas de Química, Matemática e Estatística em Agronomia, ministrando disciplinas de graduação, de pós-graduação e cursos de extensão universitária.